基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和相关微小RNA

吴胜男, 蒋环宇, 陈浩然, 王欣瑶, 吴佳辉, 王璐琦

吴胜男, 蒋环宇, 陈浩然, 王欣瑶, 吴佳辉, 王璐琦. 基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和相关微小RNA[J]. 实用临床医药杂志, 2024, 28(1): 48-55. DOI: 10.7619/jcmp.20233250
引用本文: 吴胜男, 蒋环宇, 陈浩然, 王欣瑶, 吴佳辉, 王璐琦. 基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和相关微小RNA[J]. 实用临床医药杂志, 2024, 28(1): 48-55. DOI: 10.7619/jcmp.20233250
WU Shengnan, JIANG Huanyu, CHEN Haoran, WANG Xinyao, WU Jiahui, WANG Luqi. Differentially expressed genes of ulcerative colitis and associated microRNAs based on bioinformatics analysis[J]. Journal of Clinical Medicine in Practice, 2024, 28(1): 48-55. DOI: 10.7619/jcmp.20233250
Citation: WU Shengnan, JIANG Huanyu, CHEN Haoran, WANG Xinyao, WU Jiahui, WANG Luqi. Differentially expressed genes of ulcerative colitis and associated microRNAs based on bioinformatics analysis[J]. Journal of Clinical Medicine in Practice, 2024, 28(1): 48-55. DOI: 10.7619/jcmp.20233250

基于生物信息学分析溃疡性结肠炎的差异表达基因和相关微小RNA

基金项目: 

国家自然科学基金青年项目 71804102

山西省高等学校哲学社会科学研究项目 2019W040

山西省研究生教育教学改革课题 2021YJJG115

详细信息
  • 中图分类号: R574.1;R656.6;Q811.4

Differentially expressed genes of ulcerative colitis and associated microRNAs based on bioinformatics analysis

  • 摘要:
    目的 

    基于生物信息学分析溃疡性结肠炎(UC)中具有诊断和治疗潜力的差异表达基因以及潜在的微小RNA(miRNA)。

    方法 

    采用加权基因共表达网络分析法对GEO数据库中的芯片原始数据进行筛选。获取UC相关差异表达基因进行富集分析。根据关键基因, 预测与差异表达基因相关的潜在miRNA, 并构建基因-miRNA调控网络。

    结果 

    共筛选出277个差异表达基因,其中有200个基因上调, 77个基因下调。基因集富集分析(GSEA)显示,主要富集通路是神经活性配体受体相互作用、利什曼原虫感染、朊病毒病害以及心电图受体相互作用等通路。基因本体论(GO)分析结果显示,主要参与趋化因子活性、肝素结合、趋化因子受体结合等条目。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,主要富集通路为细胞因子受体相互作用通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、趋化因子信号通路、核转录因子kappa B(NF-κB)信号通路富集通路等。筛选出10个枢纽基因,分别是C-X-C趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体2(TLR2)、细胞间黏附分子1(ICAM1)、选择素L(SELL)、趋化因子受体4(CXCR4)、细胞毒性T淋巴细胞相关抗原(CTLA4)、细胞分化抗原69(CD69)、双糖链蛋白多糖(BGN)、C-X-C趋化因子配体13(CXCL13)、金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)。鉴定出12个潜在的关键miRNAs, 分别为hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-92a-3p、hsa-mir-155-5p、hsa-mir-26b-5p、hsa-mir-4426、hsa-mir-4462b、hsa-mir-4647、hsa-mir-32-5p、hsa-mir-92b-3p、hsa-mir-98-5p和hsa-mir-93-5p。

    结论 

    本研究共筛选出277个差异表达基因可能参与UC的发生发展,鉴定出10个枢纽基因和12个miRNAs或可作为UC的生物标志物。

    Abstract:
    Objective 

    To analyze differentially expressed genes and potential microRNA (miRNAs) with diagnostic and therapeutic potential in ulcerative colitis (UC) based on bioinformatics.

    Methods 

    The chip raw data in GEO database was screened by weighted gene coexpression network analysis. UC related differentially expressed genes were obtained for enrichment analysis. Potential miRNAs associated with differentially expressed genes were predicted based on key genes, and gene-miRNA regulatory networks were constructed.

    Results 

    A total of 277 differentially expressed genes were screened, of which 200 genes were up-regulated and 77 genes were down-regulated. Gene set enrichment analysis (GSEA) showed that the main enrichment pathways were neuroactive ligand-receptor interaction, leishmania infection, prion disease and electrocardiogram receptor interaction. The results of gene ontology (GO) analysis showed that it was mainly involved in chemokine activity, heparin binding as well as chemokine receptor binding and other items. The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analysis showed that the main enrichment pathways were cytokine receptor interaction pathway, phosphatidylinositol-3 kinase/protein kinase B(PI3K-AKT) signaling pathway, chemokine signaling pathway as well as nuclear transcription factor kappa B(NF-κB) signaling pathway and other pathway. A total of 10 hub genes were screened: C-X-C chemokine ligand 8 (CXCL8), Toll-like receptor 2 (TLR2), intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1), selectin L (SELL), C-X-C chemokine receptor type 4 (CXCR4), cytotoxic T lymphocyte associated antigen 4 (CTLA4), cluster of differentiation 69 (CD69), and Biglycan (BGN), C-X-C chemokine ligand 13 (CXCL13), tissue inhibitor of metalloproteinases 1(TIMP1). A total of 12 potentially key miRNAs were identified, they were respectively hsa-mir-335-5p, hsa-mir-146a-5p, hsa-mir-92a-3p, hsa-mir-155-5p, hsa-mir-26b-5p, hsa-mir-4426, hsa-mir-4462b, hsa-mir-4647, hsa-mir-32-5p, hsa-mir-92b-3p, hsa-mir-98-5p and hsa-mir-93-5p, respectively.

    Conclusion 

    In this study, a total of 277 differentially expressed genes are screened for possible involvement in the development of UC, and 10 hub genes and 12 miRNAs are identified as possible biomarkers for UC.

  • 感染是血液恶性肿瘤患者最常见的并发症,也是患者最常见的死亡原因[1]。肛周感染是指肛门周围局部组织的红、肿、热、痛以及功能障碍,肛周脓肿和肛瘘是肛门周围感染不同病理阶段的临床表现。由于肛周局部温暖潮湿且易受大小便反复污染,肛周感染具有发病率高、复发率高、致死率高的特点。既往研究[2-3]表明,肛周感染的发生率高达40%,复发率高达31%,在中性粒细胞缺乏的患者中,死亡率高达16%[4]。同时,约90%的患者会感受到不同程度的肛周疼痛,还可能延误治疗时机,延长住院时间,增加住院费用[5]。聚维酮碘是一种广谱抗菌剂,对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、真菌和病毒均有良好的杀灭效果[6]。研究[7]表明,聚维酮碘稀释液坐浴能有效治疗血液恶性肿瘤患者肛周感染。六合丹作为本院广泛使用的著名中药方剂,具有清热解毒、活血化瘀、消肿止痛的功效[8]。研究[9-10]证明外敷治疗在皮肤及软组织感染中具有较好疗效,但是在肛周感染患者中的应用鲜有报道。本研究将六合丹联合聚维酮碘稀释液坐浴应用于血液恶性肿瘤肛周感染患者的护理中,观察临床疗效及用药安全性,现报告如下。

    采用便利抽样的方法,选取2020年1月—2022年12月本院血液内科住院的180例血液恶性肿瘤合并肛周感染患者为研究对象。根据入院时间的先后顺序,将2020年1月—2021年6月符合纳入标准的患者作为对照组,2021年7月—2022年12月符合纳入标准的患者作为试验组。本研究获得了四川大学华西医院医学伦理委员会的批准(批准号: 2020年审1170号)。

    根据两独立样本优效性检验样本量计算公式: n=π(1-π)[(u1-α+u1-β)/δ]2(1+c)/c, 其中u为标准正态离差界值, u1-αu1-β分别代表 1-α和1-β相应的单侧界值, π为2组方案的有效率, δ为2组方案有效率的差异值, c代表效应size。查阅文献[7, 11], 预计对照组治疗肛周感染的有效率约为60%, 试验组有效率为85%, π=0.725, δ=0.25, 设定α=0.05, β=0.10, n1=n2, c=1, 查表得出u1-α=1.96, u1-β=1.28, c=1, 考虑20%患者失访,计算出对照组样本量为84例,考虑到患者依从性不高的情况,纳入试验组样本量90例,对照组样本量90例,最终纳入患者180例。

    纳入标准: ①符合血液恶性肿瘤诊断标准者[12]; ②符合肛周感染的诊断标准者[13]; ③年龄18~80岁者; ④签署知情同意书者; ⑤预计住院时间≥14 d者。排除标准: ①由于各种原因无法完成坐浴或者药物外敷者; ②对聚维酮碘或六合丹过敏者; ③妊娠后期、产后2周、阴道出血、盆腔急性感染者; ④患者在14 d内出院或者死亡。

    2组患者均进行常规的肛周清洁护理: 患者入院后,每日早晚使用温热水进行肛周清洁,清洁后立即擦干肛周皮肤,保持肛周清洁干燥。对照组患者确诊肛周感染后,在肛周清洁的基础上使用聚维酮碘稀释液坐浴。聚维酮碘为广东科伦药业有限公司生产(国药准字号H44023381)的500 mL的5%聚维酮碘溶液塑料瓶包装,统一由四川大学华西药剂科提供。坐浴液配制方法为: 2 000 mL温水和聚维酮碘20 mL, 坐浴温度40~45 ℃, 坐浴时间为10 min, 坐浴频率为早晚各1次,持续14 d。

    试验组在肛周清洁和聚维酮碘稀释液坐浴的基础上进行中药方剂六合丹湿敷。六合丹是由生大黄、生黄柏、白芨、薄荷、白芷、乌梅肉、乌金散、陈小粉等组成[14], 由四川大学华西医院药剂科统一提供。具体的方法是: 患者早晚肛周坐浴后擦干局部皮肤,协助患者将六合丹敷于患处,大于局部红肿1~2 cm, 厚度为2~3 cm, 然后用新鲜的菜叶覆盖保湿再纱布覆盖,胶布粘贴,防止脱落, 2~3 h后进行清洁,皮肤破溃处禁用。持续时间为14 d,若患者14 d内肛周感染已痊愈,可恢复至常规的肛周护理。坐浴前嘱患者排空大小便,避免污染外敷药物以及导致药物的脱落。

    详细记录患者的社会人口学特征资料(性别、年龄、婚姻状况、文化程度)、疾病相关资料(诊断、是否为复发难治、肛周感染史)以及实验室检查相关资料(白细胞计数、血红蛋白计数、白蛋白计数、降钙素原、C反应蛋白、白细胞介素-6)。

    评估2组患者肛周感染临床治疗疗效、肛周疼痛情况以及肛周不良反应。在实施干预的第0、14天及出院前,由经过统一培训的2名血液内科护士进行肛周状况的评估,同时记录患者肛周不适症状(皮肤干燥、瘙痒、色素沉着)以及干预期间出现的所有不良反应。肛周感染临床治疗效果评价: 治愈是指肛周附近皮肤红肿显著好转,体温下降明显,疼痛明显缓解,创面愈合,患者排便正常; 好转是指肛周附近皮肤红肿有所好转,体温有所下降,疼痛有所缓解,创面基本愈合,患者排便异物感消失; 无效是指患者肛周附近皮肤红肿无好转现象,体温无下降,创面未愈合,疼痛未缓解,影响患者排便[7]。总有效率=(治愈+好转)/总例数×100%。在患者安静休息的状态下,采用视觉模拟评分法(VAS)比较2组患者肛周感染第0、1、2、3、7、14天的肛周疼痛情况。总分为0~10分,评分越高提示疼痛越严重。0分为无痛, 1~3分为可以忍受的轻微疼痛, 4~6分为可以忍受但影响睡眠的疼痛, 7~10分为不仅影响食欲,而且影响睡眠的无法忍受的疼痛[15]

    采用SPSS 25.0统计软件包进行统计分析。计数资料采用[n(%)]表示,符合正态分布的计量资料以均数±标准差表示,不符合正态分布的计量资料采用中位数和四分位间距表示。采用两独立样本t检验、Mann-Whitney U秩和检验对计量资料进行差异性分析,采用卡方检验或Fisher确切概率法对计数资料进行差异性分析。釆用重复测量的方差分析比较2组患者不同时点的疼痛评分。P < 0.05为差异有统计学意义。

    2组患者实施干预前的社会人口学资料、疾病相关资料、实验室检查结果比较,差异无统计学意义(P>0.05), 具有可比性。见表 1

    表  1  2组患者基线资料比较(x±s)[n(%)][M(P25, P75)]
    基线资料 分类 对照组(n=90) 试验组(n=90) P
    性别 55(61.11) 48(53.33) 0.063
    35(38.89) 42(46.67)
    年龄/岁 45.45±17.29 42.73±15.95 0.264
    婚姻状况 已婚 80(88.89) 71(78.89) 0.459
    未婚 10(11.11) 19(21.11)
    文化程度 中专及以下 38(42.22) 47(52.22) 0.460
    高中、大专 42(46.67) 33(36.67)
    本科及以上 10(11.11) 10(11.11)
    诊断 急性淋巴细胞白血病 26(28.89) 22(24.44) 0.074
    急性髓细胞白血病 52(57.78) 64(71.11)
    淋巴瘤 4(4.44) 3(3.33)
    骨髓增生异常综合征 8(8.89) 1(1.12)
    复发难治 58(64.44) 65(72.22) 0.534
    32(35.56) 25(27.78)
    肛周感染史 57(63.33) 49(54.44) 0.337
    33(36.67) 41(45.56)
    白细胞计数/(×109/L) 3.17(1.26, 4.97) 3.55(1.59, 8.68) 0.072
    血红蛋白计数/(×109/L) 78.57(68.40, 97.72) 73.87(63.43, 90.22) 0.163
    白蛋白计数/(g/L) 38.10(34.88, 41.23) 36.30(32.60, 39.38) 0.110
    降钙素原/(ng/mL) 0.37(0.16, 0.98) 0.26(0.13, 0.69) 0.236
    C反应蛋白/(mg/L) 33.10(13.80, 82.10) 29.70(12.50, 73.40) 0.097
    白细胞介素-6/(pg/mL) 49.80(27.90, 83.20) 45.50(27.20, 79.60) 0.324
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    试验组肛周感染治疗总有效率为95.56%, 高于对照组的83.33%, 差异有统计学意义(P < 0.01)。见表 2

    表  2  2组患者肛周感染临床疗效比较[n(%)]
    组别 治愈 好转 无效 总有效
    对照组(n=90) 46(51.11) 29(32.22) 15(16.67) 75(83.33)
    试验组(n=90) 72(80.00) 14(15.56) 4(4.44) 86(95.56)**
    与对照组比较, **P < 0.01。
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    重复测量方差分析结果显示, 2组患者干预后2、3、7、14 d的肛周疼痛评分比较,差异有统计学意义(P < 0.05或P < 0.01)。见表 3

    表  3  2组患者肛周疼痛评分比较(x±s
    时点 对照组(n=90) 试验组(n=90)
    0 d 5.71±1.11 5.90±1.25
    1 d 5.43±1.64 5.53±1.54
    2 d 4.42±1.50 3.30±1.11**
    3 d 4.16±1.30 2.27±1.04**
    7 d 3.46±0.97 2.33±0.78*
    14 d 1.58±0.55 0.63±0.32**
    与对照组比较, *P < 0.05, **P < 0.01。
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    2组患者均未出现严重不良反应。对照组发生肛周皮肤干燥5例,局部皮肤瘙痒2例,色素沉着6例,不良反应发生率为14.44%; 试验组发生肛周皮肤干燥9例,局部皮肤瘙痒3例,色素沉着3例,不良反应发生率为16.67%。2组患者不良反应发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。见表 4

    表  4  2组患者不良反应比较[n(%)]
    组别 肛周皮肤干燥 局部皮肤瘙痒 色素沉着 合计
    对照组(n=90) 5(5.56) 2(2.22) 6(6.67) 13(14.44)
    试验组(n=90) 9(10.00) 3(3.33) 3(3.33) 15(16.67)
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    现代医学认为,肛周感染是化脓性致病菌入侵直肠肛管周围软组织内或其周围问隙,导致肛周发生的急性化脓性感染,主要的临床表现为局部红、肿、热、痛,严重者可形成肛周脓肿或者窦道。中医[16]认为,肛周感染属于皮肤软组织感染的范畴,而皮肤软组织感染是由于火毒之邪侵入人体,引起局部气血凝滞,经络阻塞,产生肿痛症状,若病情进一步发展,热胜肉腐,肉腐为脓,从而导致脓肿的形成。

    六合丹是由生大黄、生黄柏、白芨、薄荷、白芷、乌梅肉、乌金散、陈小粉等中药烘干研磨成粉末后,使用蜂蜜调配而成。大黄性苦寒,归脾胃、大肠、肝和心包经,具有泻下攻积、清热解毒、浊瘀通经的功能; 黄柏性苦寒,归肾、膀胱、大肠经,具有清热燥湿、泻火除蒸、解毒疗疮的功能; 大黄与黄柏协同使用,可发挥清热解毒、祛腐通络、逐瘀止痛的功效。白芨性辛温,具有收敛止血、消肿生肌之功效; 薄荷性辛凉,具有解热发汗、活血消肿、清心明目之功效; 白芷性温,具有活血排脓、生肌止痛之功效; 乌性酸涩,能生津止痛; 乌金散可拔毒解毒; 陈小粉能消炎排脓、散热止痛; 使用蜂蜜调制成糊剂,可清热毒,同时减轻对皮肤黏膜刺激。诸多药物合用,起到清热解毒、散结化瘀、消肿止痛之功效[8, 11]

    西医治疗以全身抗感染治疗为主,局部可辅以红外线照射、抗生素冲洗等,但是血液肿瘤患者免疫功能受损,长期使用抗生素可导致耐药细菌增加,耐药菌群改变,不利于患者预后。中药制剂在预防与治疗血液肿瘤患者肛周感染中有较好的疗效。既往研究[16-17]证实了采用苦参、大黄、金银花、蒲公英、黄柏等中药成分配制的中药液进行熏洗治疗,能有效预防和治疗血液肿瘤患者肛周感染。聚维酮碘稀释液通过与皮肤表面、黏膜接触,逐渐分解缓缓释放出碘而起到消毒及杀灭微生物的作用,且具有较强的渗透性,能深入到感染创面深层,有消炎、防腐、镇痛、止痒、促进芽肉组织生长、加速创口愈合等作用。聚维酮碘稀释液还能够在肛周表面形成杀菌薄膜,从而减少患者肛周附近的病原菌数量,同时杀菌薄膜能够使细菌的胞质、蛋白质、多肽被氧化,让其失去活性,不能再复制和遗传。既往研究[7]证实了聚维酮碘稀释液坐浴能有效预防和治疗血液肿瘤患者肛周感染。

    本研究结果显示,试验组总有效率为95.56%, 显著高于对照组的83.33%, 这与雷冬梅等[11]、单丽明等[18]研究结果一致,提示六合丹联合聚维酮碘稀释液坐浴较单纯使用坐浴等方法治疗皮肤软组织感染效果更佳。但本研究中仍有2例患者治疗效果不佳,这与患者化疗后长时间骨髓抑制、血液肿瘤未缓解、全身感染程度严重、营养不良等因素有关,该类患者需要在控制全身感染以及局部药物外用治疗的基础上进行肛周手术治疗。使用六合丹外敷后,试验组患者在干预后48 h疼痛评分明显低于对照组,说明通过实施联合干预方案,随着干预时间增加,改善患者临床不适症状效果更加明显。这可能与六合丹联合聚维酮碘稀释液坐浴能够逐渐降低肛周感染患者局部皮肤炎症水平,加速创面愈合,较快减轻肛周局部炎症反应,从而缓解临床不适症状,减轻肛周疼痛有关[19-20]。2组患者均未发生严重不良反应,干预前教会患者及家属坐浴及外敷六合丹方法,控制适合的室温、水温及坐浴的时间,有效避免了跌倒、烫伤、晕厥等不良事件发生。皮肤干燥、局部皮肤瘙痒、色素沉着的发生与聚维酮碘和六合丹为黄棕色,长期坐浴和外敷会导致皮肤染色,同时坐浴的物理作用和六合丹的药理作用会使毛孔扩张,水分蒸发,肛周局部皮肤含水量降低有关。通过局部涂抹保湿霜后,局部症状可缓解,干预后1~2个月,着色的皮肤可恢复至干预前状态。

    本研究中仍有4例患者使用六合丹联合聚维酮碘稀释液坐浴后效果不佳,最终行肛周局部脓肿引流术,这可能与血液肿瘤患者免疫功能缺陷,化疗后长时间骨髓抑制,营养不足,以及全身感染难以控制有关。肛周感染严重治疗无效者,在中西医结合痔瘘科和结直肠肛门外科医生会诊后,根据患者情况进行外科手术治疗,辅以局部换药处理、微波照射法促进伤口愈合。肛周皮肤破溃禁止使用六合丹湿敷的患者,可以选择局部抗生素外用、中药熏洗治疗等。

    综上所述,六合丹联合聚维酮碘稀释液坐浴能够有效治疗血液恶性肿瘤患者肛周感染,较快减轻肛周疼痛,用药安全,在临床护理工作中应用效果显著。本研究为单中心的前后对照实验,样本量不足,研究结果代表性不能明确。在今后研究中可扩大样本量、进行多中心的前瞻性临床随机对照实验进一步证实。

  • 图  1   GSE65114中差异表达基因的火山图和热图

    A: 火山图; B: 热图。

    图  2   基因集富集分析

    图  3   WGCNA分析结果

    A: WGCNA软阈值的测定(β=11); B: 基因聚类树; C: 1 000个随机选择的基因拓扑重叠矩阵(TOM)热图。

    图  4   模块基因与性状关联分析

    A: 模块基因与性状特征的相关性(棕色模块中基因与炎症性状的cor=0.69, P < 0.01); B: 模块与特征关系的热图; C: 棕色模块中显著性相关的基因散点图。

    图  5   交集基因的维恩图及GO、KEGG富集分析

    A: 交集基因的维恩图; B: 交集基因的GO富集分析; C: 交集基因的KEGG富集分析。

    图  6   PPI网络图及Hub基因网络

    A: PPI网络图; B: Cytoscapeke可视化后的PPI网络图; C: Hub基因网络。

    图  7   miRNAs-Hub基因调控网络图

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出版历程
  • 收稿日期:  2023-10-12
  • 修回日期:  2023-12-15
  • 网络出版日期:  2024-01-22
  • 刊出日期:  2024-01-14

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