Human virome: predicting the unpredictable, recognizing the right enemy
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摘要: 人和动物的基因组有很大部分由各种内源性病毒组成,它们快速复制和突变,并呈现出时间和空间的变化性,导致或者不导致疾病。但是人类对于其组成、复杂性和动态变化了解不足。迄今为止,高通量基因组学、转录组学和蛋白质组学研究对病毒组-微生物组-人类行为三者之间的相互作用有了一些重要的发现,结果表明其相互作用极大地影响着人体的生理和内稳态。大量的内源性病毒为宿主提供了益处,也带来不良的免疫调节和继发感染。很多寄宿于人体的病毒来源于哺乳动物和鸟类的跨物种传播,这种传播往往导致致死性高的流行病。理解病毒分类以及病毒蛋白质组中负责与宿主病毒组相互作用的元素和因子会帮助我们制订应对未来病毒爆发的策略。本文对病毒宏基因组学研究中与人类健康和疾病相关的一些关键内容进行了综述。Abstract: A wide array of fast replicating and mutating endogenous viruses with temporal and spatial variability predominate human and zoonotic genomes with and without disease manifestations. However, knowledge about their composition, complexity and dynamics is inadequate. Till date high throughput genomic, transcriptomic and proteomic studies revealed some significant findings on tripartite interaction among virome-microbiome and human behaviors that greatly impact human physiology and homeostasis. Rich repertoires of endogenous viruses provide beneficial attributes to the host, and confer adverse immune modulation and secondary infections. Many of these human inhabiting viruses arise due to cross species transmission from mammals and birds, which leads to lethal epidemics. Comprehension on viral taxonomy, viral proteomic elements and factors responsible for host virome interactions will certainly aid to formulate strategies against future viral outbreaks. The review summarizes some of the key aspects in virome metagenomic studies in correlation with human health and diseases.
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Keywords:
- zoonotic genomes /
- high throughput genome /
- viral proteomics /
- viral genome /
- human virome /
- homeostasis /
- host
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Mirizzi综合征是由于胆总管被胆囊管或胆囊颈部嵌顿结石压迫而引发的胆管炎、梗阻性黄疸或胆绞痛，其发病原因较为复杂，发病率较低，临床症状往往不典型，属于胆结石并发症[1]。Mirizzi综合征的诊断方法以影像学检查和内镜检查为主，其在胆囊切除术前往往被忽视，进而可能导致胆道损伤，因此术前的正确诊断对于Mirizzi综合征的治疗十分重要。随着医疗技术的发展，腹腔镜手术被广泛应用于各科室手术中，有研究[2]认为，在Mirizzi综合征的治疗中采用腹腔镜手术，能够显著减轻患者痛苦，改善预后。本研究以60例Mirizzi综合征患者为研究对象，探讨了腹腔镜手术联合T管引流术的治疗效果，现报告如下。
1. 资料与方法
1.1 一般资料
纳入2013年1月—2018年6月在本院进行治疗的Mirizzi综合征患者60例作为研究对象，按照手术方法的不同分为对照组和腹腔镜组。对照组28例，男11例，女17例，年龄22~79岁，平均(54.63±10.26)岁，病程16 d~8年，平均(3.47±1.14)年，按Mirizzi综合征的分型标准[3]分为Ⅱ型15例、Ⅲ型13例。腹腔镜组32例，男13例，女19例，年龄24~82岁，平均(53.84±8.56)岁，病程14 d~9年，平均(3.78±1.25)年, Mirizzi综合征分型为Ⅱ型20例、Ⅲ型12例。2组患者在性别比、年龄、病程、Mirizzi综合征分型等一般资料方面比较，差异无统计学意义(P>0.05)。本研究经本院医务科审核后通过。
纳入标准: 患者术前均经内镜逆行性胆胰管造影(ERCP)、CT等方式确诊Mirizzi综合征; Mirizzi综合征分型为Ⅱ型或Ⅲ型; 患者知情同意。排除标准: 合并恶性肿瘤; 合并脏器功能严重不全; 过敏体质; 意识不清晰; 中途退出者。
1.2 治疗方法
对照组采用开腹胆囊切除术联合T管引流术治疗，全身麻醉后，对患者右侧作一切口，随后进行胆道镜探查，行胆囊切除术，针对部分无法进行完整胆囊切除术的患者，可进行胆囊大部切除术，对于部分患者使用肝圆韧带进行修补，随后常规放置T型管进行引流，关闭腹腔。腹腔镜组采用腹腔镜手术联合T管引流术治疗，对患者进行全身麻醉后，建立常规气腹，将腹腔镜放入患者脐孔部位，仔细将患者肝门处的粘连进行分离，并对胆囊结构、结石等进行仔细观察，将胆囊管与肝总管之间的粘连分离，减轻胆管损伤，随后在胆囊颈部将胆囊切开，并将嵌顿结石取出，使用胆道镜观察是否存在结石未取出、狭窄和瘘口情况。若手术过程中发现在患者的胆管瘘口处存在较为明显的狭窄，则应在胆囊切除时保留0.5~1.0 cm的胆囊壁，并对瘘口进行缝合，随后将胆总管切开，置入T管进行引流，缝合切口。由于Ⅱ型患者的瘘口较小，可直接进行缝合并予T管引流, Ⅲ型患者由于瘘口较大，在手术过程中应根据患者瘘口情况进行修补，必要时利用胆管成形修补术进行治疗。
1.3 观察指标
① 分析2组患者的手术结果，并对患者进行为期0.5~2年的随访，对随访结果进行分析。观察2组患者的并发症发生情况，包括胆漏、胆管炎、伤口感染、T管脱出等，比较2组患者的术后并发症发生率。②比较2组患者围术期的临床指标，包括手术时间、术中出血量、引流时间、住院时间、术后排气时间。③满意度评价: 采用本院自制的患者满意度评价表对术后2组患者的满意度进行评价，结果分为满意、基本满意和不满意，比较2组患者的手术满意率。
1.4 统计学分析
采用SPSS 19.0软件进行数据处理，计量资料以(x±s)表示，比较采用t检验，计数资料以[n(%)]表示，比较采用卡方检验，以P < 0.05为差异有统计学意义。
2. 结果
2.1 手术结果分析
本研究60例患者均顺利完成手术，并于治愈后出院。腹腔镜组32例患者中, 5例患者(Ⅱ型2例, Ⅲ型3例)因胆囊三角处发生较为严重的粘连而中转开腹手术。腹腔镜组术后出现胆瘘3例、胆管炎1例、伤口感染1例，对照组术后出现胆瘘2例、伤口感染1例、T管脱出1例，经对症治疗后均治愈。2组患者术后并发症发生率比较，差异无统计意义(P>0.05)，见表 1。随访结果显示, 2组患者手术后均使用T型管引流3~6个月，造影显示胆管通畅，后进行闭管观察，显示无异常后拔管。2组患者随访过程中均未出现胆瘘、胆结石复发以及胆总管狭窄，预后良好。
表 1 2组患者术后并发症发生情况比较[n(%)]并发症 对照组(n=28) 腹腔镜组(n=32) 胆瘘 2(7.14) 3(9.38) 胆管炎 0 1(3.13) 伤口感染 1(3.57) 1(3.13) T管脱出 1(3.57) 0 合计 4(14.29) 5(15.63) 2.2 围术期临床指标比较
腹腔镜组的术中出血量、住院时间和术后排气时间均显著优于对照组(P < 0.05); 腹腔镜组的手术时间和引流时间与对照组相比，差异无统计学意义(P>0.05)。见表 2。
表 2 2组患者围术期临床指标比较(x±s)组别 n 手术时间/min 术中出血量/mL 住院时间/d 引流时间/d 术后排气时间/h 对照组 28 83.49±16.25 97.48±22.36 9.57±2.65 4.03±1.24 23.36±5.84 腹腔镜组 32 79.62±15.33 51.36±19.64* 7.69±2.14* 3.59±1.10 12.54±4.49* 与对照组相比, *P < 0.05。 2.3 手术满意度评价
腹腔镜组的手术满意率显著高于对照组(P < 0.05), 见表 3。
表 3 2组患者的手术满意度评价[n(%)]手术满意情况 对照组(n=28) 腹腔镜组(n=32) 满意 17(60.71) 24(75.00) 基本满意 5(17.88) 7(21.87) 不满意 6(21.43) 1(3.13) 手术满意 22(78.57) 31(96.87)* 与对照组相比, *P < 0.05。 3. 讨论
Mirizzi综合征在胆囊结石患者中的发病率较低，仅约0.1%, Mirizzi综合征患者的临床症状并不典型，往往伴有较长时间的胆结石以及胆管炎病史[4]。对Mirizzi综合征患者进行术前临床诊断，其检出率往往较低，临床中一旦怀疑Mirizzi综合征，需使用ERCP、CT等进行确诊。导致Mirizzi综合征的原因较为复杂，主要包括以下方面: ①患者肝总管和胆囊管的汇合口所处位置过低或二者伴行的长度过长[5]。②患者胆囊管结石的发生和嵌顿，促使胆囊内压力升高，进而使胆囊管出现一定程度的扩张[6]。③结石嵌顿的发生，可引发炎症反应，而炎症因子的持续刺激会促使胆管中瘘口的出现[7]。临床中，医师应对Mirizzi综合征高危患者保持警惕，高危患者的临床症状一般包括胆红素升高、胆绞痛反复发作史, B超检查显示胆总管宽度增加，胆囊发生萎缩，且胆结石直径过大，此时应根据推荐进行ERCP检查，以明确诊断，进而促进患者快速康复[8]。
手术是治疗Mirizzi综合征的必需方法，通过将胆囊切除，结石取出，对胆管损伤进行有效修复以及T管引流，进而达到治疗的目的[9]。开腹手术为传统治疗方法，手术过程中依据患者Mirizzi综合征分型选择不同的手术方式，包括胆囊切除术、T管引流术以及胆肠吻合术等。由于Mirizzi综合征术前诊断较为困难，因此Mirizzi综合征曾被作为腹腔镜手术的禁忌证，然而随着医疗技术的不断进步，腹腔镜手术被越来越广泛地应用于Mirizzi综合征的治疗过程中，且取得了较为满意的治疗效果[10]。
关于Mirizzi综合征Ⅱ型和Ⅲ型患者行腹腔镜手术的可行性，已有多名学者进行了相关研究。郭欣等[11]对69例Mirizzi综合征患者的手术方法进行了比较，结果表明，使用腹腔镜手术治疗Ⅰ型和Ⅱ型Mirizzi综合征患者，能够有效降低术中出血量，缩短住院时间和术后排气时间，且近期和远期并发症发生率均较低，可促进患者康复，减少创伤。侯建芳等[12]研究了腹腔镜下治疗29例Ⅱ型和Ⅲ型Mirizzi综合征胆管缺损患者的临床疗效，其中6例患者由于发生三角区粘连以及解剖较为复杂而中转开腹手术，患者均预后良好。张景承等[13]对29例Mirizzi综合征患者的手术方式进行研究，发现针对不同分型的Mirizzi综合征患者，其手术方法差异较大，且由于Mirizzi综合征患者的胆道结构常较为复杂，因此对于分型程度较高的患者，不应盲目追求微创手术，应适时进行开腹手术。
在针对Mirizzi综合征的腹腔镜手术中，粘连分离是较为重要的一步，且所有操作均应紧贴胆囊进行。同时，在对胆管瘘口以及损伤处进行缝合时，应注意缝合方式，需避免连续缝合，且术者应耐心仔细，防止缝合过程中引起胆管变形[14]。手术完成后，应仔细冲洗，防止胆漏的发生。同时，在手术过程中，若发现患者粘连较为严重，应逆行将胆囊进行分离，不可盲目，在胆囊底部将胆囊切开取石，同时对胆管进行仔细检查后再行解剖。另外，胆囊切除前，术者应对患者瘘口直径进行谨慎评估，并保留相应的胆囊壁进行修补[15]。
本研究发现，对于Ⅱ型和Ⅲ型Mirizzi综合征患者，腹腔镜下手术能够显著降低术中出血量，缩短住院时间和术后排气时间，且患者术后并发症发生率低，对手术的满意度较高。然而，Ⅱ型和Ⅲ型Mirizzi综合征患者的胆道结构较为复杂，因此术后发生并发症的风险明显增大，故术前应对Mirizzi综合征患者进行正确分型，明确手术方法和手术风险，以降低中转开腹、胆道损伤以及相关并发症的发生率，改善患者预后。
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LAI C C, SHIH T P, KO W C, et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19):The epidemic and the challenges[J]. Int J Antimicrob Agents, 2020, 55(3):105924.
WHO. Coronavirus disease (COVID-19) pandemic[EB/OL]. https://www. who. int/emergencies/diseases/novel coronavirus-2019.
WOOLHOUSE M, SCOTT F, HUDSON Z, et al. Human viruses:discovery and emergence[J]. Biol Sci, 2012, 367(1604):2864-2871.
RATE S, TABOADA B, YOCUPICIO MONROY M, et al. Human virome[J]. Arch Med Res, 2017, 48(8):701-716.
VIRGIN H W. The virome in mammalian physiology and disease[J]. Cell, 2014, 157(1):142-150.
WHO EMRO. Zoonotic disease:emerging public health threats in the Region[EB/OL]. http://www. emro. who. int/fr/about who/rc61/zoonotic diseases. html.
PARVEZ M K, PARVEEN S. Evolution and emergence of pathogenic viruses:past, present, and future[J]. Intervirology, 2017, 60(1/2):1-7.
DELWART E. A roadmap to the human virome[J]. PLoS Pathog, 2013, 9(2):e1003146.
CARROLL D, DASZAK P, WOLFE N D, et al. The global virome project[J]. Science, 2018, 359(6378):872-874.
ELBEHERY A H A, FEICHTMAYER J, SINGH D, et al. The human virome protein cluster database (HVPC):a human viral metagenomic database for diversity and function annotation[J]. Front Microbiol, 2018, 9:1110.
GREGORY A C, ZABLOCKI O, HOWELL A, et al. The human gut virome database[J]. Bio Rxiv, 2019, 1:655910.
CARDING S R, DAVIS N, HOYLES L. Review article:the human intestinal virome in health and disease[J]. Aliment Pharmacol Ther, 2017, 46(9):800-815.
CAO S B, STRONG M J, WANG X, et al. High-throughput RNA sequencing-based virome analysis of 50 lymphoma cell lines from the cancer cell line encyclopedia project[J]. J Virol, 2015, 89(1):713-729.
HANNIGAN G D, DUHAIME M B, RUFFIN M T 4TH, et al. Diagnostic potential and interactive dynamics of the colorectal cancer virome[J]. Bio, 2018, 9(6):e02248-e02218.
GARMAEVA S, SINHA T, KURILSHIKOV A, et al. Studying the gut virome in the metagenomic era:challenges and perspectives[J]. BMC Biol, 2019, 17(1):84-93.
RASCOVAN N, DURAISAMY R, DESNUES C. Metagenomics and the human virome in asymptomatic individuals[J]. Annu Rev Microbiol, 2016, 70:125-141.
MORIYAMA M, HUGENTOBLER W J, IWASAKI A. Seasonality of respiratory viral infections[J]. Annu Rev Virol, 2020. https://doi.org/10.1146/annurev-virology-012420-022445.[Epub ahead of print]
WYLIE K M, WEINSTOCK G M, STORCH G A. Emerging view of the human virome[J]. Transl Res, 2012, 160(4):283-290.
MA Y F, MADUPU R, KARAOZ U, et al. Human papillomavirus community in healthy persons, defined by metagenomics analysis of human microbiome project shotgun sequencing data sets[J]. J Virol, 2014, 88(9):4786-4797.
HANNIGAN G D, MEISEL J S, TYLDSLEY A S, et al. The human skin double-stranded DNA virome:topographical and temporal diversity, genetic enrichment, and dynamic associations with the host microbiome[J]. mBio, 2015, 6(5):e01578-e01515.
ROSARIO K, BREITBART M, HARRACH B, et al. Revisiting the taxonomy of the family Circoviridae:establishment of the genus Cyclovirus and removal of the genus Gyrovirus[J]. Arch Virol, 2017, 162(5):1447-1463.
ROOSSINCK M J, BAZÁN E R. Symbiosis:viruses as intimate partners[J]. Annu Rev Virol, 2017, 4(1):123-139.
RECHENCHOSKI D Z, FACCIN-GALHARDI L C, LINHARES R E C, et al. Erratum to:Herpesvirus:an underestimated virus[J]. Folia Microbiol (Praha), 2018, 63(1):123.
MANRIQUE P, DILLS M, YOUNG M J. The human gut phage community and its implications for health and disease[J]. Viruses, 2017, 9(6):E141.
GREGORY A C, ZABLOCKI O, HOWELL A, et al. The human gut virome database[J]. BioRxiv, 2019, 1:655910.
MALATHI V G, RENUKA DEVI P. SsDNA viruses:key players in global virome[J]. Virusdisease, 2019, 30(1):3-12.
BRANDES N, LINIAL M. Giant viruses-big surprises[J]. Viruses, 2019, 11(5):E404.
GRUBAUGH N D, LADNER J T, LEMEY P, et al. Tracking virus outbreaks in the twenty-first century[J]. Nat Microbiol, 2019, 4(1):10-19.
MOYA A, PÉREZ BROCAL V. The human virome[M]. New York, NY:Springer New York, 2018:115-137.
CADWELL K. The virome in host health and disease[J]. Immunity, 2015, 42(5):805-813.
BUSCA A, KUMAR A. Innate immune responses in hepatitis B virus (HBV) infection[J]. Virol J, 2014, 11:22-27.
VÉLEZ-BOHÓRQUEZ A, BOHÓRQUEZ-LOZANO M, ECHEVERRY-DE-POLANCO M. The viruses in the human oncogénesis[J]. Infectio, 2018, 22(4):213.
DRABORG A H, SANDHU N, LARSEN N, et al. Impaired cytokine responses to Epstein-Barr virus antigens in systemic lupus erythematosus patients[J]. J Immunol Res, 2016, 2016:6473204.
BARTSCH S M, LOPMAN B A, OZAWA S, et al. Global economic burden of Norovirus gastroenteritis[J]. PLoS One, 2016, 11(4):e0151219.
PARK A, ZHAO G Y. Mining the virome for insights into type 1 diabetes[J]. DNA Cell Biol, 2018, 37(5):422-425.
FOUSTERI G, DAVE JHATAKIA A. Viral infections and autoimmune disease:roles of LCMV in delineating mechanisms of immune tolerance[J]. Viruses, 2019, 11(10):E885.
NEIL J A, CADWELL K. The intestinal virome and immunity[J]. J Immunol, 2018, 201(6):1615-1624.
AKBARI A, ARABSOLGHAR R, BEHZAD BEHBAHANI A, et al. Human Gyrovirus apoptin as a potential selective anticancer agent:an in vitro study[J]. Pharm Sci, 2019, 25(1):44-49.
ZENG M, HU Z P, SHI X L, et al. MAVS, cGAS, and endogenous retroviruses in T-independent B cell responses[J]. Science, 2014, 346(6216):1486-1492.
OGILVIE L A, JONES B V. The human gut virome:a multifaceted majority[J]. Front Microbiol, 2015, 6:918.
NEU U, MAINOU B A. Virus interactions with bacteria:Partners in the infectious dance[J]. PLoS Pathog, 2020, 16(2):e1008234.
KUSS S K, BEST G T, ETHEREDGE C A, et al. Intestinal microbiota promote enteric virus replication and systemic pathogenesis[J]. Science, 2011, 334(6053):249-252.
ROBINSON C M, JESUDHASAN P R, PFEIFFER J K. Bacterial lipopolysaccharide binding enhances virion stability and promotes environmental fitness of an enteric virus[J]. Cell Host Microbe, 2014, 15(1):36-46.
SULLENDER M E, BALDRIDGE M T. Norovirus interactions with the commensal microbiota[J]. PLoS Pathog, 2018, 14(9):e1007183.
KRISHNA P, JAIN A, BISEN P S. Microbiome diversity in the sputum of patients with pulmonary tuberculosis[J]. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 2016, 35(7):1205-1210.
BELLER L, MATTHIJNSSENS J. What is (not) known about the dynamics of the human gut virome in health and disease[J]. Curr Opin Virol, 2019, 37:52-57.
SHAW W R, CATTERUCCIA F. Vector biology meets disease control:using basic research to fight vector-borne diseases[J]. Nat Microbiol, 2019, 4(1):20-34.
-
期刊类型引用(3)
1. 徐铭泽，芶欣. Mirizzi综合征诊断及腹腔镜治疗进展. 疑难病杂志. 2024(12): 1524-1527 . 
百度学术
2. 范友杰，王付钦，王小磊，陈颢. 腹腔镜胆囊切除术+T管引流术治疗Mirizzi综合征的疗效评价. 山西卫生健康职业学院学报. 2021(01): 16-17 . 百度学术
3. 马风江. Mirizzi综合征(MS)的术前影像诊断效能及腹腔镜手术治疗MS的临床疗效. 影像研究与医学应用. 2021(07): 215-216 . 百度学术
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